雖然在 Unix Like 環境已經有很多預先編譯好的軟件，例如 rpm 及 deb，但我較喜歡使用編譯的方法安裝軟件，尤其是 server，以下是編譯及安裝 MySQL 4.1.18 的方法:
1. 到 MySQL Mirror 下載 source code 並儲存到主機上。
2. 執行以下指令:
# tar zxvf mysql-4.1.18.tar.gz
# cd mysql-4.1.18
# ./configure –prefix=/usr/local/mysql
# make
# make install
# scripts/mysql_install_db
3. MySQL 已經安裝完成，現在需要改變 mysql 目錄的 owner:
# chown -R mysql.mysql /usr/local/mysql
4. 執行以上指令後，便可以啟動 MySQL 並更改密碼:
# /usr/local/mysql/share/mysql/mysql.server start
# /usr/local/mysql/bin/mysql mysql
這時應該進入了 MySQL 內，執行以入 SQL 語句更改密碼
mysql> update user set password=password(’new_password’) where user=’root’;
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
mysql> exit;
5. 更改密碼後，最後便要使 MySQL 在開機時自動啟動，以下是 Redhat 及 Debian 的做法。
Redhat:
# cp /usr/local/mysql/share/mysql/mysql.server /etc/rc.d/init.d/mysqld
# ntsysv # 選擇 mysqld 並按 Save
Debian:
# cp /usr/local/mysql/share/mysql/mysql.server /etc/init.d/mysqld
# ln -s /etc/init.d/mysqld /etc/rc3.d/S99mysqld
# ln -s /etc/init.d/mysqld /etc/rc5.d/S99mysqld
ln -s /etc/init.d/mysqld /etc/rc0.d/K01mysqld