IBM developerworks 的文章，列出 5 個 PHP 連接資料庫的問題，而這些問題不是較切階的資料庫權限等，而是設計上的問題，分別有:
Problem 1: Using MySQL directly
直接呼叫 MySQL 函式，建議使用 PEAR DB module 或 PHP Data Objects (PDO) classes，因為當轉換資料庫系統時所修改的程式碼較少。
Problem 2: Not using auto-increment functionality
這個我不明白為何會有人不用 auto-increment，而是在每次插入資料時先 select 最大的 id 值，然後再加一。
Problem 3: Using multiple databases
初學者常見的問題，除了十分大型的系統外，根本不再兩個資料庫，但開發大型系統的開發者不會不明白這點。
Problem 4: Not using relations
沒有使用關聯資料庫的關聯性，即要向每個資料表發出個別 SQL 語句。當然程式也可以執行，但維護上較困難，而且執行上效能較差。
Problem 5: The n+1 pattern
也是效能上的問題，可以用一句 SQL 語句完成的話，比發送多個 SQL 語句為佳。
以上是大概的內容，建議看一看原文: Five common PHP database problems